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目前微反应器在化工工艺过程的研究与开发中已经得到广泛的应用，商业化生产中的应用正日益增多。其主要应用领域包括有机合成过程，微米和纳米材料的制备和日用化学品的生产。在化工生产中，新的Miprowa技术已经可以实现每小时上万升的流量。
微反应器的微结构大的缺点是固体物料无法通过微通道，如果反应中有大量固体产生，微通道极易堵塞，导致生产无法连续进行。
目前这一问题主要是通过改进反应器的设计来解决。例如拜耳-埃尔费尔德微技术公司开发的阀式混合器（反应器）可以用于快速沉淀反应，基于这一技术，拜耳公司成功开发了商业化生产工艺，用于生产高的性能的微米材料和纳米材料。
微反应器连续合成化及应用
加氢反应占所有制药反应类型的约14%。普遍采用的加氢釜很危险，而采用均相加氢，废物处理又比较难，目前开发的微填充床技术将会解决这个问题。把催化剂填充到相应的管道固定中，跟微反应器结合，料液和氢气通过微反应器和微填充床即可完成反应。当然难点也很大。气液固反应是很难的，气液在微反应器中的流动，传质和反应行为非常复杂。但催化剂只要不失活可以一直用，失活后需要开发再生工艺。前期的催化剂筛选和工艺开发过程也较为复杂，但是考虑到医i药行业的特点，对成本要求比较低，可以做的较快。
微通道反应器行业有广阔的应用前景
微通道反应器可以将各种催化剂固定在芯片微通道中得到高比表面积的微催化床，提高催化效率，在反应器中进行合成反应时，反应物配比、温度、压力、反应时间和流速等反应条件容易控制，反应物在流动过程中发生反应，浓度不断降低，生成物浓度不断提高，副反应较少。
微通道反应器采用连续流动的方式进行反应，对于反应速度很快的化学反应，可以通过调节反应物流速和微通道的长度，控制它们在反应器中的反应时间。
